Tratamentul chistului sebaceu este îndepărtarea chirurgicală, urmată de sutură. Operația elimină conținutul chistului împreună cu învelișul, prevenind astfel recidiva.

Tratamentul este exclusiv chirurgical și vizează excizia întregii glande cu tot cu conținutul retenționat. Suprainfecțiile repetate anterioare pot duce la formarea de țesut cicatricial și aderența chistului la țesutul adiacent, ceea ce poate conduce la ruperea chistului în momentul operator și excizie incompletă sau defectuoasă. Dacă excizia este completă, nu apar recurente.

Dacă pacientul are predispoziție la formarea de chiste sebacee, atunci se pot forma noi leziuni în alte zone. Intervenția se face sub anestezie locală asigurând un comfort deplin al pacientului în timpul operator.